在食品加工中，水果蔬菜类产品中的维生素是受保护成分。有研究发现，微波对维生素的破坏比常规加工要小的很多。因此，微波加工工艺对水果蔬菜很合适，从维生素营养价值方面来衡量，微波加热是高质量的。
（1）、维生素C
其损失的主要原因是很容易被氧化。加热是维生素C含量减少的主要原因，温度越高，作用时间越长，维生素C损失越多。在加工过程中，高温加热时间越短，对保存维生素C越有利，微博加工比传统方法加工的蔬菜中保存的维生素C多，其原因主要是微波加热速度快，作用时间段。
（2）、维生素E
在微波辐射的作用下，植物油中的不饱和油脂酸、维生素E等不稳定成分会发生一定程度的变化，因而影响到植物油的品质。在不同的微波辐射时间下，植物油中维生素E的含量发生了显著变化，但适宜的微波辐射强度能较好的保存食品中维生素E。
（3）、维生素B1，维生素B2，维生素B6和维生素A
维生素B1、维生素B2、维生素B6是B族维生素中对光和热比较敏感的维生素，在加工过程中有不同程度的损失，维生素A对光和热也很敏感，在高温和有氧存在时，维生素A容易分解。微波对维生素B1、维生素B2、维生素B6无特别的影响，对维生素A存在轻微的破坏作用，但相对于传统加工工艺来说影响小得多。
