消费者如果经常食用甜蜜素含量超标的饮料或其他食品，就会因摄入过量而对人体的肝脏和神经系统造成危害，特别是对代谢排毒的能力较弱的老人、孕妇、小孩，危害更加明显。甜蜜素摄入是有一个标准的，每日允许摄入量为11mg／kg。也就是说，对于一个体重55kg的人来说，即使每天都吃到甜蜜素，只要其每天摄入量不超过605mg，就不会给身体健康带来危害。

   1969年美国国家科学院研究委员会通过动物实验证实，甜蜜素:糖精的比例达到10:1，即可致膀胱癌。甜蜜素在使用范围内的添加量相对较大，而质谱法的分辨率和灵敏度比较高，极易造成过载，因此在甜蜜素检测中通常使用GB/T 5009.97-2003，该方法以甜蜜素在硫酸介质中与反应生成环己醇亚硝酸酯为目标峰来定量，但是采用该方法试验时会产生两个色谱峰，控制衍生反应条件及如何准确定量是关键。